該工具會根據(jù)統(tǒng)計數(shù)據(jù)為每一個氨基酸分配一個親水值，整個序列的親水值=所有氨基酸的親水值除以總氨基酸數(shù)。蛋白親水性分析工具的算法來自于文獻(xiàn) (Kyte and Doolittle; 1982)。